Washington, DC
August 7, 2008
ARS News Service
Agricultural Research Service, USDA
By
Rosalie Marion Bliss
 Agricultural
Research Service (ARS) scientists and colleagues have
produced several online bioinformatics resources to support
plant breeders and other scientists who research genetic traits
among plant species. Bioinformatics is a field of science in
which biology, computer science and information technology merge
to form a single discipline.
ARS investigators
Doreen Ware,
Edward Buckler,
Michael McMullen,
James Holland and university colleagues produced
Panzea, an online
bioinformatics resource on maize diversity with support from the
U.S. Department of Agriculture
(USDA) and the National Science
Foundation. Buckler and Ware are with ARS units in Ithaca,
N.Y; McMullen in Columbia, Mo.; and Holland in Raleigh, N.C.
Panzea contains millions of data points, providing access to
genotype, phenotype and polymorphism data.
Maize is a diverse crop
species. On average, two different maize lines can be as
genetically different as a human and a chimpanzee. A key aspect
of the program is identifying chromosomal regions at which
exotic maize lines possess genes with agronomic effects superior
to those carried in Corn Belt lines.
Panzea is available at:
http://www.panzea.org.
Another genomics database
supports blueberry breeders who are generating plants that can
adapt to a wide range of soils, climates and harvests. Blueberry
is now a major berry crop and sales are rising quickly,
according to industry experts.
ARS plant geneticist
Jeannine Rowland and colleagues produced the online
blueberry genomics database, which is called the
BBGD.
The researchers are with the
ARS
Genetic Improvement of Fruits and Vegetables Laboratory in
Beltsville, Md. They have identified gene sequences and
molecular markers of horticultural significance in blueberry.
That information is available through the BBGD for
marker-assisted breeding and transformation.
The database provides key
information on gene expression related to a cultivar's ability
to acclimate and survive during cold winters--a critical step to
good summer yields. The BBGD is available at:
http://psi081.ba.ars.usda.gov/bbgd/index.htm.
Read more about this research in the August 2008 issue of
Agricultural Research magazine.
ARS is a scientific research
agency of the USDA.
Científicos producen bases de datos
disponibles en línea sobre el maíz y los arándanos
Científicos del
Servicio de Investigación Agrícola (ARS) y sus colegas han
producido dos recursos bioinformáticos disponibles en línea para
ayudar a los criadores de plantas y otros científicos a
investigar las características genéticas en varias especies de
plantas. La bioinformática es un campo de ciencia que combina la
biología y la informática para formar una sola disciplina.
Investigadores
Doreen Ware,
Edward Buckler,
Michael McMullen y
James Holland, quienes trabajan con el ARS, y sus colegas
universitarios produjeron Panzea,
un recurso bioinformático disponible en línea sobre la
diversidad genética del maíz, con el apoyo del
Departamento de Agricultura de EE.UU. (USDA por sus siglas
en inglés) y la Fundación Nacional
de Ciencia. Buckler y Ware trabajan en un laboratorio
mantenido por el ARS en Ithaca, Nueva York; McMullen trabajan en
Columbia, Misurí; y Holland trabajan en Raleigh, Carolina del
Norte.
Panzea contiene millones de
puntos de datos y provee acceso a datos relacionados con
genotipos, fenotipos y polimorfismos.
El maíz es una especie diversa.
Por término medio, dos diferentes líneas de maíz pueden ser tan
diferentes genéticamente como el humano o el chimpancé. Un
aspecto clave del programa es identificar las regiones de
cromosomas donde las líneas exóticas de maíz tienen genes que
proveen efectos agronómicos que son superiores a aquellos en las
líneas de maíz ahora cultivadas en el área principal de
producción de maíz en EE.UU.
Panzea está disponible en:
http://www.panzea.org.
Otra base de datos genómicos es
útil a los criadores del arándano que están produciendo plantas
que pueden adaptarse en una gama amplia de suelos, climas y
épocas de cosecha. El arándano es un cultivo principal de bayas,
y las ventas están aumentando rápidamente, según expertos.
Jeannine Rowland, quien es genetista de plantas con el ARS,
y sus colegas produjeron la base de datos genómicos del
arándano. Esta base de datos, disponible en línea, se llama
BBGD.
Los investigadores trabajan en
el
Laboratorio del Mejoramiento Genético de Frutas y Verduras
mantenido por el ARS en Beltsville, Maryland. Ellos han
identificado las secuencias genéticas y los marcadores
moleculares de importancia hortícola en el arándano. Esta
información está disponible mediante BBGD para la crianza
asistida por marcadores.
La base de datos provee
información clave sobre la expresión de genes relacionados con
la capacidad de la planta de aclimatarse y sobrevivir durante
los inviernos fríos--una etapa imprescindible para buenos
rendimientos durante el verano. BBGD está disponible en:
http://psi081.ba.ars.usda.gov/bbgd/index.htm.
Lea más sobre esta investigación en la revista 'Agricultural
Research' de agosto del 2008.
ARS es una agencia de
investigaciones científicas del USDA. |
