ARS News Service
Agricultural Research Service, USDA
Luis Pons, (301) 504-1628, luis.pons@ars.usda.gov September 25, 2006

Soybean breeders, producers and scientists have a new resource to tap.

Agricultural Research Service (ARS) scientists at Ames, Iowa, recently launched "The Soybean Breeder's Toolbox," an online database that allows exploration of the soybean's genetic makeup through easily retrieved information. ARS is the chief in-house scientific research agency of the U.S. Department of Agriculture (USDA).

The website is the new interface to SoyBase, a pioneering, ARS-supported plant-genetic database established in 1993. It can be accessed at http://soybase.org/.

According to ARS computational biologist Rex Nelson, who helped design the toolbox, this database offers easier remote access to information in SoyBase, as well as the use of complex queries to retrieve sets of related data.

The new site makes it possible to compare current soybean genetic maps and will allow study of maps from other legume species when they become available, according to Nelson, who is in the ARS Corn Insects and Crop Genetics Research Unit (CICGRU) at Ames, Iowa. The site uses an open-source, comparative map viewer program called CMap, which was created by the USDA-supported Generic Model Organism Database project.

In The Soybean Breeder's Toolbox, there is information about molecular markers on genetic maps, diseases and insects that attack soybean plants, and many other topics. Also included are data associated with soybean quantitative traits such as the resistance of different soybean genotypes to stresses that include bacterial, fungal and insect attacks and drought and flooding.

Nelson explained that the toolbox's easy linkage with other databases makes it easier to combine information from other databases into a single report. This helps researchers to quickly find genomic sequences associated with particular agronomic traits of interest. Ultimately, it can help make possible the development of varieties containing superior traits.

The website will be updated with new data as it is published and with new functions requested by people involved in soybean breeding and production.

CICGRU geneticists David Grant and Randy Shoemaker also assisted in getting The Soybean Breeder's Toolbox online. Grant is the curator for SoyBase.

Una "caja de herramientas" está disponible en línea para estudios de la soya

Servicio Noticiero del Servicio de Investigación Agrícola (ARS siglas en inglés)
Departamento de Agricultura (USDA siglas en inglés)
Luis Pons, (301) 504-1628, luis.pons@ars.usda.gov

Los cultivadores de nuevas variedades de soya, los productores y los científicos tienen una nueva "caja de herramientas".

Los científicos del Servicio de Investigación Agrícola (ARS) en Ames, Iowa, recientemente lanzaron "La caja de herramientas para los cultivadores de nuevas variedades de soya". Esta es una base de datos disponible en línea que permite la exploración de la composición genética de la soya mediante información fácilmente recuperada. ARS es la agencia principal de investigaciones científicas del Departamento de Agricultura de EE.UU. (USDA por sus siglas en inglés).

El sitio Web es la nueva interfaz a la base de datos pionera llamada 'SoyBase'. Esta base de datos sobre la genética de plantas fue establecida en 1993 y es sostenida por ARS. Es accesible en http://soybase.org/.

Según el biólogo computacional Rex Nelson del ARS, quien ayudó a diseñar la "caja de herramientas", esta base de datos ofrece acceso remoto más fácil a la información en SoyBase, y permite el uso de preguntas complejas para recuperar juegos de datos relacionados.

El sitio nuevo hace posible la comparación de mapas genéticos actuales de la soya, y permitirá el estudio de nuevos mapas de otras especies de legumbres cuando sean disponibles, según Nelson. Él trabaja en la Unidad de Investigación de Insectos de Maíz y la Genética de Cosechas (CICGRU por sus siglas en inglés) mantenida por ARS en Ames. El sitio usa un programa llamado 'CMap' que permite la comparación de mapas de fuentes múltiples. CMap fue creado por el proyecto 'Base de Datos de Organismos Modelos Genéricos' sostenido por el USDA.

En "La caja de herramientas para los cultivadores de nuevas variedades de soya", hay información sobre marcadores moleculares en mapas genéticos; enfermedades e insectos que atacan las plantas de soya; y muchos otros temas. La base de datos también incluye datos asociados con los rasgos cuantitativos de soya, tales como la resistencia de diferentes genotipos de soya a las tensiones tales como ataques por bacterias, hongos o insectos, la sequía, y la inundación.

Nelson explicó que las conexiones fáciles entre la caja de herramientas y otras bases de datos hacen más fácil combinar información de otras bases de datos en un solo reporte. Esta capacidad ayuda a los investigadores a rápidamente encontrar las secuencias genómicas asociadas con rasgos agronómicos específicos de interés. Finalmente, la caja de herramientas puede ayudar a hacer posible el desarrollo de variedades de soya con rasgos superiores.

El sitio Web se pondrá al día con nuevos datos a la vez que son publicados y con nuevas funciones solicitadas por las personas involucradas en el desarrollo y la producción de nuevas variedades de soya.

Los genetistas David Grant y Randy Shoemaker de la CICGRU ayudaron a poner en línea "la caja de herramientas". Grant es el conservador de SoyBase.