ARS News Service
Agricultural Research Service, USDA
Jim Core, (301) 504-1619, jcore@ars.usda.gov

The Agricultural Research Service has joined Cotton Incorporated (CI) and Clemson University Genomics Institute (CUGI) today in launching the Cotton Microsatellite Database online at: www.mainlab.clemson.edu/cmd

Unlike other major crops, cotton did not have a publicly available database for DNA markers. Lack of markers and maps has been a major limiting factor in the development of DNA-based tools to identify important agronomic traits and facilitate selection of plants based on these traits.

DNA markers are small pieces of DNA that vary in length, depending on the plant's genetic make-up. When a specific marker is associated with a gene governing resistance to a specific pest or disease, it can be used as a diagnostic tool to identify plants with potential resistance.

In Stoneville, Miss., geneticist Jodi Scheffler, in the ARS Crop Genetics and Production Research Unit, and molecular biologist Brian Scheffler, from the agency's Mid-South Area Genomics Laboratory, teamed up with grower-funded CI in Cary, N.C., and CUGI in South Carolina to develop a DNA marker database for cotton.

CI funded the database with coordination from its vice president of agricultural research, Roy Cantrell. Dorrie Main and co-workers at CUGI developed the database. The Stoneville scientists are evaluating potential DNA markers and working with CUGI to test the database.

To facilitate comparison of marker data from different research groups, a standardized set of DNA from a range of cotton varieties and wild species is being maintained by ARS geneticist John Yu in the Crop Germplasm Research Unit at College Station, Texas. ARS geneticist Johnie Jenkins and colleagues in the Genetics and Precision Agriculture Research Unit at Mississippi State, Miss., have also contributed markers being tested at Stoneville. Other ARS locations, public universities, research laboratories in France and China, and cotton-breeding companies plan to contribute markers and information to the database.

This is only the first step toward developing a DNA marker database and creating a map of the cotton genome.

ARS is the U.S. Department of Agriculture's chief scientific research agency.

Base de datos del ADN de algodón se lanza para ayudar a descubrir resistencia a enfermedades

Servicio Noticiero del Servicio de Investigación Agrícola (ARS siglas en inglés)
Departamento de Agricultura (USDA siglas en inglés)
Jim Core, (301) 504-1619, jcore@ars.usda.gov 

El Servicio de Investigación Agrícola (ARS) hoy se asoció con la organización Cotton Incorporated (CI por sus siglas en inglés) y el Instituto de Genómica de la Universidad de Clemson (CUGI por sus siglas en inglés) para lanzar la Base de Datos de Microsatélites del Algodón en Internet en: www.mainlab.clemson.edu/cmd

A diferencia de otras cosechas principales, el algodón no tenía una base de datos disponible al público para marcadores de ADN. La falta de marcadores y mapas ha sido un factor restrictivo mayor en el desarrollo de herramientas basadas en ADN para poder identificar rasgos agronómicos y facilitar la selección de plantas basada en estos rasgos.

Marcadores de ADN son pedazos pequeños de ADN que varían en longitud, dependiendo de la composición genética de la planta. Cuando un marcador específico es asociado con un gen que controla la resistencia a una plaga o enfermedad específica, el marcador puede ser usado como una herramienta diagnostica para identificar plantas que podrían tener resistencia potencial.

En Stoneville, Misisipí, la genetista Jodi Scheffler del ARS, en la Unidad de Investigación de la Genética de Cosechas y Producción, y el biólogo molecular Brian Scheffler del ARS, en el Laboratorio de Genómica de la Región Medio Sur, se asociaron con CI, el cual es financiado por cultivadores, y CUGI en Carolina del Sur para desarrollar una base de datos de marcadores de ADN para el algodón.

CI financió la base de datos con coordinación por su vicepresidente de investigación agrícola, Roy Cantrell. La científica Dorrie Main y sus colegas de CUGI desarrollaron la base de datos. Los científicos de Stoneville están evaluando los marcadores potenciales de ADN y trabajando con CUGI para ensayar la base de datos.

Para facilitar la comparación de datos de marcadores de diferentes grupos de investigación, una colección estandardizada de ADN de una variedad de algodón y especies silvestres es mantenida por el genetista John Yu del ARS en la Unidad de Investigación de Germen Plasma de Cosechas en College Station, Texas. El genetista Johnie Jenkins del ARS y sus colegas en la Unidad de Investigación de Genética y Agricultura de Precisión en Starkville, Misisipí, también han contribuido marcadores para ensayos en Stoneville. Otros sitios del ARS, universidades públicas, laboratorios de investigación en Francia y China, y compañías de cultivación del algodón planean contribuir marcadores e información para la base de datos.

Esto es solamente el primer paso en el desarrollo de una base de datos de marcadores de ADN y la creación de un mapa del genoma del algodón.

ARS es la agencia principal de investigaciones científicas del Departamento de Agricultura de EE.UU.