Source: Blgg

Nematoden zoals het stengelaaltje en schimmels zoals witrot zijn zeer schadelijk voor de uienteelt in Nederland. Ze veroorzaken rot. Grondmonsters worden onderzocht om dit te detecteren; een arbeidsintensief en kostbaar werk. In samenwerking met het Laboratorium voor Nematologie (WUR) heeft het bedrijf Blgg een moleculaire techniek ontwikkeld om in grondmonsters het stengelaaltje en witrot te detecteren.

Agrarisch laboratorium Blgg neemt het ontwikkelde systeem in november van dit jaar in gebruik. Het systeem meet op moleculair niveau snel en nauwkeurig grondmonsters. In een reeks testen bleek de moleculaire test vergeleken met het traditionele microscooponderzoek een hogere detectie op te leveren voor zowel het stengelaaltje als witrot.

Jaarlijks worden duizenden grondmonsters onderzocht op geschiktheid voor uienteelt. Er wordt gekeken naar de aanwezigheid van de nematode Ditylenchus dipsaci (het stengelaaltje), en de schimmel Sclerotium cepivorum (witrot). Dit gebeurt al jarenlang handmatig onder de microscoop, een specialistisch en arbeidsintensief proces.

Blgg-directeur Henri Hekman was al langer op zoek naar een meer nauwkeurige, snellere en goedkopere manier. Hij kwam in contact met de Wageningse onderzoeker Hans Helder die in een door STW gefinancierd project een DNA-database samenstelde van alle nematodensoorten in Nederland. Deze database, samen met de techniek om op makkelijke wijze DNA uit nematoden vrij te maken, vormt de basis voor de ontwikkelde techniek om schadelijke nematoden in een grondmonster op te sporen. Het door STW aangevraagde patent hierop is recentelijk overgedragen aan Blgg.

In nauwe samenwerking lukte het Blgg en het Laboratorium voor Nematologie om de fundamentele kennis uit het patent te combineren met de stand van zaken in de laboratoriumpraktijk. Het resultaat is een praktisch toepasbare test, die zowel het stengelaaltje als witrot onomstotelijk aantoont.

Beide partijen werken verder aan het ontwikkelen van een moleculaire test die ook andere ziekteverwekkende nematoden in grond opspoort. Grondmonsters onder de microscoop bestuderen is daarmee verleden tijd. De uit de grondmonsters gewassen nematoden kunnen straks op basis van hun individuele DNA ‘streepjescode’ worden gedetecteerd. Op basis van de testuitslag van een onderzocht perceel bepaalt de teler of hij daar wel of geen uien zal verbouwen.

DNA technique measures suitability of soil for onion crops

Nematodes, such as the stem nematode, and fungi, such as white rot, are particularly harmful for onion crops in the Netherlands: they cause rot. Soil samples are investigated to detect this; a labour-intensive and expensive operation. Together with the Laboratory for Nematology (University of Wageningen) the company Blgg has developed a molecular technique to detect the stem nematode and white rot in soil samples.

Agricultural laboratory Blgg will start using the new system in November 2005. The system quickly and accurately measures soil samples at the molecular level. In a series of comparative trials, the molecular test had a higher detection rate than the traditional microscopic investigation for both the stem nematode and onion white rot.

Each year thousands of soil samples are investigated for their suitability for onion crops. They are examined for the presence of the nematode Ditylenchus dipsaci (the stem nematode) and the fungus Sclerotium cepivorum (onion white rot). For years this has been done visually under the microscope; a specialised and labour-intensive process.

Blgg director Henri Hekman had been looking for a more accurate, faster and cheaper method for some time. He came into contact with Wageningen researcher Hans Helder who, with funding from Technology Foundation STW, was compiling a DNA database of all nematode species in the Netherlands. This database, together with a method for the easy extraction of DNA from nematodes, forms the basis for the technique developed to detect harmful nematodes. The Technology Foundation STW filed a patent for this technology, and this patent was recently transferred to Blgg.

In close cooperation with the Laboratory for Nematology, Blgg managed to successfully combine the fundamental knowledge from the patent with state-of-the-art laboratory practice. The result is a practical test that conclusively demonstrates the presence of both the stem nematode and onion white rot.

Both parties are continuing to work on the development of molecular tests to detect other plant pathogenic nematode species in the soil. With this new method, the analysis of soil samples under the microscope will be made superfluous. It will soon be possible to detect nematodes extracted from the soil samples according to their individual DNA 'barcode'. The grower can then decide whether or not he wants to grow onions on the plot of land tested.